첫째, 지과 및 박과작물를 가해하는 곰팡이 병원균의 유전체 분석과 이들 작물의 유전체 분석연구를 통해 병원성요소 (Effector gene)및 병저항성 유전자 (Resistance gene)를 대량발굴하여 기능을 분석하고자 한다. 또한 이들 병원균이 작물을 침입할 때 이루어지는 저항성 신호전달체계를 규명하여 작물의 형질전환 및 교배육종을 통해 내병성 품종을 육성하고자 하는 것이 궁극적인 목적이다.
둘째, 전임 유승헌 교수님이 하셨던 다양한 식물로부터 병원성 곰팡이 (진균)를 분리-동정하여 현재까지 알려지지 않은 미기록 종을 분자적 방법으로 분류하고자 한다.